Gli organi della Fondazione Monsignor Paolo Botto sono:
Don Emanuele Meconcelli Presidente del Consiglio di Amministrazione
Don Franco Puddu Consiglio di Amministrazione
Don Marco Natale Orrù Consiglio di Amministrazione
Prof. Enzo Tramontano Consiglio di amministrazione
Prof. Antonio Piras Consiglio di Amministrazione
